Ce centre de référence confirme le diagnostic des sérogroupes de Vibrio cholerae et d’autres espèces de vibrio qui peuvent être impliqués dans des cas de vibrioses ches l’Homme comme V. parahaemolyticus, vulnificus ou fluvialis. Il permet la surveillance des souches circulantes et leur sensibilité aux antibiotiques.
1, Avenue de l’Hôpital, ICAB - Tour 6 - Etage +2 - Route 656, 4000 Liège
Ce centre de référence confirme le diagnostic des sérogroupes de Vibrio cholerae et d’autres espèces de vibrio qui peuvent être impliqués dans des cas de vibrioses ches l’Homme comme V. parahaemolyticus, vulnificus ou fluvialis. Il permet la surveillance des souches circulantes et leur sensibilité aux antibiotiques.
Le CNR est accrédité BELAC sous l’ISO 15189 (BELAC 128 MED).
Le centre de référence V. cholerae/parahaemolyticus possède une collection de souches de différents Vibrio de divers serogroupes (pour V. cholerae), toxinogènes ou non. De manière générale, toute souche envoyée au CNR est conservée.
Le CNR assure une activité de conseil auprès des cliniciens et microbiologistes confrontés à des patients présentant des signes cliniques évoquant une infection à V. cholerae/parahaemolyticus. Pour toute question, le personnel du CNR est disponible par email ou par téléphone (Voir coordonnées de contact).
Les sérogroupes O1 (biotypes classique et El Tor) et O139 de Vibrio cholerae sont les principaux agents pathogènes des épidémies de choléra ; les souches O1, responsables de la majorité des cas, se répartissent en trois sérotypes (Ogawa, Inaba et Hikojima). Le sérogroupe est déterminé par agglutination avec les sérums anti-O1 et anti-O139, tandis que des tests d'agglutination avec d'autres antisera permettent de différencier les trois sérotypes O1. Ce test vise à caractériser le sérogroupe et le sérotype de toute souche de Vibrio reçue et confirmée V. cholerae par le CNR, isolée de prélèvements humains.
L'échantillon est préparé sous forme d'une sous-culture fraîche et pure sur milieu nutritif, envoyée sur gélose en boîte, après inoculation massive en profondeur en gélose nutritive en tube, ou sur écouvillon avec son milieu de transport. La souche doit être correctement identifiée et conditionnée dans un milieu de transport adapté, puis acheminée en triple emballage (boîtes/tubes hermétiquement fermés, placés avec un matériel adsorbant dans un emballage secondaire étanche, le tout dans une enveloppe matelassée ou une boîte), aussi rapidement que possible à température ambiante, dans les 72 heures suivant la préparation, selon la réglementation en vigueur sur les matières infectieuses. Le formulaire de demande, téléchargeable sur le site des CNR de l'ISP, doit être rempli avec précision et joint à chaque envoi.
Un échantillon est rejeté s'il n'est pas identifié, si le formulaire de demande est incomplet, si les conditions de conservation ou de transport sont manifestement inappropriées, ou si l'identification de V. cholerae n'est pas confirmée.
L'analyse est réalisée à la demande, tous les jours ouvrables du lundi au vendredi, avec un délai de 48 heures. Les résultats pertinents, même partiels, sont communiqués par téléphone ou par voie électronique dès qu'ils sont connus ; un compte-rendu écrit (papier ou électronique) suit une fois l'ensemble des résultats disponible.
Les sérogroupes pathogènes de V. cholerae produisent la toxine cholérique — responsable de symptômes diarrhéiques pouvant engager le pronostic vital — alors que les souches non pathogènes peuvent ou non la produire. Cette toxine est codée par l'opéron Ctx (gènes CtxA et CtxB), acquis par transfert horizontal via le bactériophage filamenteux Ctx qui s'intègre dans le génome bactérien et confère ainsi la pathogénicité à la bactérie. Le CNR a développé une PCR en temps réel ciblant une portion de cet opéron (gène CtxA) pour détecter les souches virulentes de V. cholerae. Le gène TcpA code quant à lui pour un pilus assimilable à une adhésine, situé à l'extrémité du corps bactérien, qui permet l'adhérence aux cellules intestinales et sert également de récepteur au bactériophage Ctx ; il est détecté par amplification PCR. Ce test vise ainsi à détecter ces deux facteurs de virulence, CtxA et TcpA, sur toute souche de Vibrio reçue et confirmée V. cholerae par le CNR et isolée de prélèvements humains.
L'échantillon est préparé sous forme d'une sous-culture fraîche et pure sur milieu nutritif, envoyée sur gélose en boîte, après inoculation massive en profondeur en gélose nutritive en tube, ou sur écouvillon avec son milieu de transport. La souche doit être correctement identifiée et conditionnée dans un milieu de transport adapté, puis acheminée en triple emballage (boîtes/tubes hermétiquement fermés, placés avec un matériel adsorbant dans un emballage secondaire étanche, le tout dans une enveloppe matelassée ou une boîte), aussi rapidement que possible à température ambiante, dans les 72 heures suivant la préparation, selon la réglementation en vigueur sur les matières infectieuses. Le formulaire de demande, téléchargeable sur le site des CNR de l'ISP, doit être rempli avec précision et joint à chaque envoi.
Un échantillon est rejeté s'il n'est pas identifié, si le formulaire de demande est incomplet, si les conditions de conservation ou de transport sont manifestement inappropriées, ou si l'identification de V. cholerae n'est pas confirmée.
L'analyse est réalisée à la demande, tous les jours ouvrables du lundi au vendredi, avec un délai de détection de 48 heures. Les résultats pertinents, même partiels, sont communiqués par téléphone ou par voie électronique dès qu'ils sont connus ; un compte-rendu écrit (papier ou électronique) suit une fois l'ensemble des résultats disponible, le tout étant résumé dans le rapport annuel.
Les hémolysines TDH (Thermostable Direct Hemolysin) et TRH (Thermostable Related Hemolysin) sont des facteurs de virulence largement décrits dans la littérature pour V. parahaemolyticus. Le test développé au laboratoire cible ces deux hémolysines par PCR afin d'évaluer le caractère pathogène de la souche analysée. Ce test vise ainsi à détecter par PCR les gènes TDH et TRH sur toute souche de Vibrio reçue et confirmée V. parahaemolyticus par le CNR et isolée de prélèvements humains.
L'échantillon est préparé sous forme d'une sous-culture fraîche et pure sur milieu nutritif, envoyée sur gélose en boîte, après inoculation massive en profondeur en gélose nutritive en tube, ou sur écouvillon avec son milieu de transport. La souche doit être correctement identifiée et conditionnée dans un milieu de transport adapté, puis acheminée en triple emballage (boîtes/tubes hermétiquement fermés, placés avec un matériel adsorbant dans un emballage secondaire étanche, le tout dans une enveloppe matelassée ou une boîte), aussi rapidement que possible à température ambiante, dans les 72 heures suivant la préparation, selon la réglementation en vigueur sur les matières infectieuses. Le formulaire de demande, téléchargeable sur le site des CNR de l'ISP, doit être rempli avec précision et joint à chaque envoi.
Un échantillon est rejeté s'il n'est pas identifié, si le formulaire de demande est incomplet, si les conditions de conservation ou de transport sont manifestement inappropriées, ou si l'identification de V. parahaemolyticus n'est pas confirmée.
L'analyse est réalisée à la demande, tous les jours ouvrables du lundi au vendredi, avec un délai de détection de 48 heures. Les résultats pertinents, même partiels, sont communiqués par téléphone ou par voie électronique dès qu'ils sont connus ; un compte-rendu écrit (papier ou électronique) suit une fois l'ensemble des résultats disponible, le tout étant résumé dans le rapport annuel.
Ce test détermine la CMI pour un ensemble d'agents antimicrobiens appartenant habituellement aux classes suivantes : bêta-lactames (ampicilline, céfotaxime), fluoroquinolones, tétracyclines, triméthoprime-sulfaméthoxazole et colistine. Il permet de confirmer la sensibilité à un agent antimicrobien explicitement demandé pour toute souche de Vibrio cholerae isolée d'un prélèvement clinique, ainsi que d'analyser chaque année les profils de sensibilité et leur évolution sur l'ensemble des souches de V. cholerae isolées en Belgique et reçues par le CNR.
L'échantillon est préparé sous forme d'une sous-culture fraîche et pure sur milieu nutritif, envoyée sur gélose en boîte, après inoculation massive en profondeur en gélose nutritive en tube, ou sur écouvillon avec son milieu de transport. La souche doit être correctement identifiée et conditionnée dans un milieu de transport adapté, puis acheminée en triple emballage (boîtes/tubes hermétiquement fermés, placés avec un matériel adsorbant dans un emballage secondaire étanche, le tout dans une enveloppe matelassée ou une boîte), aussi rapidement que possible à température ambiante, dans les 72 heures suivant la préparation, selon la réglementation en vigueur sur les matières infectieuses. Le formulaire de demande, téléchargeable sur le site des CNR de l'ISP, doit être rempli avec précision et joint à chaque envoi.
Un échantillon est rejeté s'il n'est pas identifié, si le formulaire de demande est incomplet, si les conditions de conservation ou de transport sont manifestement inappropriées, ou si l'identification de V. cholerae n'est pas confirmée.
L'analyse est réalisée à la demande, tous les jours ouvrables du lundi au vendredi, avec un délai de 2 à 3 jours pour une détermination de CMI. Les résultats sont communiqués par courrier ou voie électronique dès qu'ils sont connus ; le profil de sensibilité des souches de V. cholerae isolées en Belgique est résumé dans le rapport annuel.
Le laboratoire de Microbiologie Clinique du CHU de Liège a mis en place une démarche d’accréditation du laboratoire depuis quelques années. La mise en place du système qualité du CNR Vibrio de Liège a été initiée en 2012. La démarche retenue pour mettre en conformité le CNR avec la norme ISO 15189 est fondée sur la rédaction de procédures pour chaque analyse proposée par le CNR, la création d’un dossier de validation complet pour chacune de ces techniques et un état des lieux des procédures et protocoles existants.
L’accréditation ISO 15189 a été octroyée au CNR à la suite de l’audit BELAC de mai 2013 (BELAC 128MED).
